Yayasan Kyai Haji Aqiel Siroj (KHAS) adalah Yayasan yang menaungi Majlis Tarbiyatul Mubtadi-ien (MTM) Pondok Pesantren Kempek. Adapun susunan pengurus Yayasan KHAS adalah sebagai Berikut:
1. Pengasuh / Ketua Yayasan : BUYA H. Ja’far Shodiq Aqiel Siroj
2. Pengasuh : Prof. Dr. KH. Said Aqiel Siroj, MA
3. Pengasuh : KH. Musthofa Aqiel Siroj
4. Pengasuh dan Pimpinan Majlis : KH. Ahsin Syifa Aqiel Siroj
5. Pengasuh : KH. Ni’amillah Aqiel Siroj, M.Pd
6. Sekretaris Yayasan dan Pondok : KH. Ahmad Zaeni Dahlan, Lc.,M.Phil
7. Bendahara Yayasan dan Pondok : KH. Muhammad Bj, Lc
8. Kepala Bidang Pendidikan : K. Ghufroni Mashuda, S.PdI
9. Kepala Bidang Kesahatan : Ust. Ahmad Nahdi Bj, S.PdI
10. Kepala Bidang Keputrian : Ny. Hj. Tho’atilah Ja’far, S.PdI
11. Kepala Bidang Ekonomi : Ny. Najhah Barnamij, S.E.I
12. Kepala Bidang Humas : Nurkholik, S.PdI
13. Kepala Bidang Keamanan : Ust. Syibro Malisi Sadzali
