Pengasuh Majlis Tarbiyatul Mubtadi-ien (MTM) Pondok Pesantren Kempek adalah sebagai berikut:
1. KH. Aqiel Siroj (Priode tahun 1960 – 1990)
2. BUYA H. Ja’far Shodiq Aqiel Siroj (Priode tahun 1990 – 2014)
3. KH. M. Musthofa Aqiel Siroj (Periode tahun 2014 – Sekarang)
