Sebagai Pesantren Salafiyah (Tradisional), Pesantren Kempek dalam menyelenggarakan pendidikan berorientasi pada materi pelajaran Keagamaan dengan kajian kitab – kitab kuning, seperti : Al Qur’an (pola khusus) yang bisa diselesaikan antara 4 – 6 tahun dan kajian kitab – kitab klasik karangan Ulama Salaf (biasa diistilahkan dengan kitab kuning) dengan menggunakan system Bandongan, Sorogan, Musawarah dan Klasikal.
Dalam menerapkan system klasikal, Pesantren Kempek berbeda dengan system – system klasikal yang biasa diterapkan dilembaga – lembaga pendidikan formal (Madrasah) pada umumnya. Sistem klasikal yang diterapkan adalah system yang mengacu pad kitab – kitab kajian yang diistilahkan dengan Muhadhoroh.
Di MTM Pondok Pesantren Kempek, Lembaga Muhadhoroh adalah lembaga khusus yang menangani pengajian pondok pesantren. Kurikulum yang digunakan Muhadhoroh merupakan kurikulum yang umumnya digunakan oleh pondok pesantren salafiyah/tradisional, yang materi wajibnya adalah kitab kuning karya ulama salaf.
Di Muhadloroh inilah, santri mengikuti pengajian dari kelas paling bawah sampai paling atas. Dengan semakin banyaknya santri yang mesantren, maka Muhadhoroh dikelola dengan manajemen yang modern, mulai dari struktur kepengurusan, sistem kerja, keuangan, tata-tertib, hingga pola hubungan dengan wali santri.
